Bagian 1
Cerita dimulai saat Adu Du menceritakan kepada penonton tentang episode sebelumnya, di mana dia mengatakan bahwa Bago Go dapat memberinya senjata untuk mengalahkan BoBoiBoy tapi dia pingsan. Setelah dia bangun, dia menjadi marah saat Probe menjual Kapal Angkasa-nya untuk ditukar dengan Robot kuat Bago Go Mukalakus si Robot Pemusnah. Adu Du menemukan bahwa Mukalakus adalah senjata yang sempurna untuk mengalahkan musuhnya BoBoiBoy, dia mengatakan kepada Probe untuk mencuri beberapa ekor Koko untuk mengaktifkan Mukalakus.
Di taman bermain, Yaya, Ying dan Gopal kesal karena BoBoiBoy akan kembali ke rumah. Ochobot menangis saat BoBoiBoy mengatakan bahwa dia tidak dapat mengikutinya dan membantu Tok Aba di toko Koko sebagai gantinya, Mukalakus menyerang BoBoiBoy dan teman-temannya, mereka terkejut dengan robot raksasa tersebut, Ying mencoba melarikan diri dari Mukalakus namun Adu Du menembaknya dengan menggunakan laser, membuat Yaya sangat marah. Dia menggunakan Tumbukan Super Padu untuk menghancurkan Mukalakus, namun robot itu lebih kuat dari dirinya. Gopal mengubah bebatuan dan pipa raksasa menjadi tomat dan melemparkannya ke Adu Du dan Mukalakus. Gopal kemudian mengubahnya kembali ke bentuk sebelumnya, tapi mereka dihancurkan oleh Mukalakus menggunakan lasernya lagi dan menembak Gopal. BoBoiBoy terbagi menjadi tiga dan melepaskan potensi penuh masing-masing (kecuali BoBoiBoy Tanah).
Mereka menyerang Mukalakus, dan karena serangan kuat Keris Petir BoBoiBoy, Mukalakus mengalami arus pendek dan kehabisan tenaga, BoBoiBoy mengatakan kepada Adu Du untuk mengakui bahwa dia telah dikalahkan namun dia mengatakan bahwa dia masih belum melakukannya.
Probe kemudian menempatkan Ochobot didalam Mukalakus untuk melanjutkan pertempuran Adu Du melawan BoBoiBoy. BoBoiBoy Tanah menjebak Mukalakus di dalam sebuah batu raksasa, maka ia dan BoBoiBoy Petir mengatakan kepada robot bahwa ia tidak membutuhkan kekuatan baru. Mukalakus mengabaikan keduanya dan membebaskan diri. Ini menembak BoBoiBoy Petir, BoBoiBoy Topam dan teman-temannya lagi. BoBoiBoy Tanah mengatakan kepada Adu Du untuk menghentikan invasi tersebut namun dia mengabaikannya, karena Adu Du mengatakan “BoBoiBoy dah kalah!”, Dia melihat bahwa BoBoiBoy Tanah dikelilingi oleh bola zorb kuning.
Bagian 2
BoBoiBoy Tanah berubah sendiri menjadi BoBoiBoy Gempa dan memiliki kontrol diri Monster Batu Raksasa bernama Giga yang bisa membantunya mengalahkan Mukalakus. Dengan bantuan dari BoBoiBoy Halilintar dan BoBoiBoy Topan, mereka menggunakan Gerakan Kombo dan menghancurkan Mukalakus.
Setelah BoBoiBoy rekombinasi dia tertidur karena dia lelah, disampingnya Ochobot tidur, juga. Kemudian di Rumah Tok Aba, BoBoiBoy terbangun, teman-temannya mengucapkan terima kasih telah menyelamatkan nyawa mereka. Yaya mencoba untuk memberi biskuit tapi Gopal menghentikannya, dan sebaliknya, dia berubah lencana mirip Domo perempuan Ying menjadi biskuit yang membuat Ying marah, membuat dia mengejar dan bertengkar dengan Gopal didalam kamar.
3 Hari Kemudian, Tok Aba dan Ochobot mengirim BoBoiBoy (Karakter) ke Stasiun Kereta Rintis, Tok Aba berpamitan dengan BoBoiBoy, dia mengatakan bahwa Ochobot masih belum bisa mengikuti BoBoiBoy. Gopal melihat BoBoiBoy di stasiun stasiun dan mengatakan bahwa dia harus menunggu sampai dia, Ying dan Yaya tiba yang juga mengucapkan selamat tinggal pada BoBoiBoy saat BoBoiBoy memasuki kereta api, Fang, Bocah Misterius yang akan muncul di Musim 2 dan BoBoiBoy akhirnya mengendarai Yong Pin Aerotrain untuk pulang ke rumah.
Di Tempat Sampah, Adu Du bersumpah bahwa dia siap untuk mengalahkan BoBoiBoy lagi tapi Probe mengatakan bahwa dia harus tinggal bersamanya sebagai gantinya. 6 bulan kemudian, di Sekolah Rendah Pulau Rintis, Ying, Yaya dan Gopal terkejut karena gurunya mengatakan bahwa murid baru itu adalah BoBoiBoy. Dalam kredit Dia dan teman-temannya mengucapkan terima kasih kepada penonton karena menonton acara dengan mengatakan “Terbaik”, Probe dan Adu Du juga mengucapkan selamat tinggal dan versi perpanjangan Hang on Tight/Bersedia dimainkan.