Enam bulan setelah mengalahkan Adu Du di akhir musim pertama dan kembali ke kota, BoBoiBoy pindah ke Pulau Rintis dan melanjutkan sekolah di Sekolah Rendah Pulau Rintis. Jadi, dia bersatu kembali dengan Yaya, Ying dan Gopal selain bertemu lawan baru bernama Fang yang cemburu dengan kekuatan dan popularitas BoBoiBoy di sekolah. Selain itu BoBoiBoy juga mahir mengonversi langsung ke bentuk elemen tingkat kedua.
Sementara itu, Adu Du sering mencoba berbagai cara untuk menghilangkan BoBoiBoy yang kembali, termasuk bekerja dengan Fang untuk sementara. Namun, semua upaya gagal. Akhirnya Fang bergabung dengan geng BoBoiBoy karena kekuatannya juga dianugerahkan oleh Ochobot secara tidak sengaja saat bentrok dengan Adu Du dan Probe. Musim kedua berakhir dengan kedatangan Ejo Jo di Bumi yang mengganggu sekolah BoBoiBoy, menyebabkan geng BoBoiBoy berkonspirasi dengan geng Adu Du.