Cerita dimulai di Markas Kotak tempat Adu Du memasang mesin dengan bantuan Probe yang berhasil menyanyikan lagu kecil ” Bersedia ” sebelum ditampar dengan kerah oleh Adu Du.
Sementara itu, di Akademi Pulau Rintis , BoBoiBoy , Gopal , Ying , Yaya , Fang , dan lain-lain mengikuti kelas matematika yang diajarkan oleh Ms. Papa Zola . BoBoiBoy dibangunkan dari lamunan oleh Cikgu Papa yang sedang mengajar sehingga menjawab pertanyaan matematika yang berbunyi seperti ini: “Tok Samad punya tiga anak, dan Mak Salmah juga punya tiga anak. Berapa anak mereka?” BoBoiBoy menjawab enam, tetapi dikoreksi oleh Cikgu Papa bahwa ada tiga anak karena Tok Samad dan Mak Salmah adalah suami istri.
Begitu kelas berakhir, geng BoBoiBoy menerima sinyal bip di jam tangan mereka, menandakan bahwa ada tugas baru yang menunggu. Gopal mencoba untuk bertahan tetapi dihentikan oleh Fang dengan Tangan Bayangan , jadi dia harus mengikuti mereka. Geng BoBoiBoy singgah di Kokotiam Tok Aba yang juga dihadiri oleh Tok Kasa , masyarakat Cendawa, serta Adu Du dan Probe . Ochobot yang juga bekerja di toko tersebut curiga terhadap Adu Du dan Probe namun mereka tampak polos dengan mempersembahkan Tok Kasa dengan sebuah gitar elektrik berupa wajah Adu Du sebagai tanda penghargaan kepada mantan guru mereka. Maka Tok Kasa pergi bersama orang-orang Cendawa untuk pergi menguji gitar di tempat lain.
Begitu Tok Kasa pergi, geng BoBoiBoy berhenti di toko Tok Aba. Sementara BoBoiBoy menyapa Tok Aba , dan Fang menyapa Adu Du dan Probe, Ying memesan “Koko-Kojato”, mengejutkan Gopal karena tidak pernah mengenali item menu. Adu Du dan Probe mencoba memesan hal yang sama, tetapi Tok Aba mentraktir mereka minuman gratis sambil memberi sinyal kepada Ochobot. Ochobot memasang tombol rahasia untuk membawa geng BoBoiBoy ke perosotan bawah tanah, mengejutkan Gopal.
Ternyata “Koko-Kojato” adalah kode rahasia untuk masuk ke markas rahasia bawah tanah yang dibangun oleh TAPOPS , yaitu ” TAPOPS-U ” ( TAPOPS Underground ). Sudah diketahui BoBoiBoy dan kawan-kawan kecuali Gopal yang hanya ngotot bermain dengan game-game Kakimon . Di sana, mereka disambut oleh Komandan Koko Ci yang muncul di layar, menegur Gopal karena mengganggu pertemuan sebelumnya. Turut hadir bersama Koko Ci adalah Laksamana Tarung yang menanyakan Gopal berapa nilai dia di Kakimon . Gopal menjawab level 11, sehingga membenarkan keluhan Koko Ci tentang masalah disiplinnya. Meski demikian, Tarung memaafkan Gopal.
Koko Ci memulai briefing dengan memperkenalkan TAPOPS-U, pangkalan TAPOPS yang dibangun di Bumi untuk dihadiri oleh geng BoBoiBoy sambil menunggu Stasiun Luar Angkasa TAPOPS dibangun kembali. Gopal bertanya mengapa perlu membangun pangkalan di Bumi ketika lebih mudah untuk membangun di luar angkasa, lalu Koko Ci menjelaskan bahwa sejak BoBoiBoy bergabung dengan TAPOPS, serangan musuh di Stasiun Luar Angkasa TAPOPS meningkat 500 persen, dan bahkan menyamar sebagai cucian terungkap . Tarung mengumumkan penyamaran untuk TAPOPS-U sebagai “Pusat Pencucian Pesawat Luar Angkasa Suci” yang akan dijalankan oleh Kaizo bersama dengan mantan kru Kapten Vargoba .
Pengarahan dilanjutkan dengan Koko Ci memperkenalkan versi baru dari Power Clock ke BoBoiBoy yang memungkinkan dia untuk menggunakan kekuatan elemen tingkat ketiga, tetapi dengan pengingat untuk berlatih sebaik mungkin karena tidak yakin bahwa kekuatan tersebut dapat digunakan dengan aman. Menambahkan Koko Ci lagi, jam daya baru akan membantu dalam misinya untuk menyelamatkan Power Sphera di sektor “B-108Y”, yang merupakan area pengawasan BoBoiBoy pada zaman itu, dengan menyalakan peringatan jika ada Power Sphera di bahaya. Secara kebetulan pada saat itu, peringatan seperti itu terdengar di TAPOPS-U karena mendeteksi ancaman di area terdekat, kemudian geng BoBoiBoy bergegas keluar dan menemukan Adu Du dan Probe mencoba menculik Ochobot.
BoBoiBoy mulai bertindak dengan berubah menjadi BoBoiBoy Blaze dan meluncurkan serangan dengan Kotak Api Berulang melawan Adu Du, sementara Adu Du menangkis dengan tiang besi, mempersulit upaya BoBoiBoy. Begitu sengitnya pertarungan sehingga Tok Aba mengungkapkan keheranannya mengapa Adu Du menjadi begitu hebat; Adu Du menjawab bahwa itu berkat pelatihan di bawah Tok Kasa. Ying dan Yaya juga terlibat perkelahian dengan meluncurkan Tendangan Kecepatan Seribu dan Pukulan Padat melawan Probe untuk melepaskan Ochobot, tetapi Adu Du dengan cepat menghentikan mereka dengan tongkatnya.
Probe beralih ke Mecha Probe untuk membalas sambil menahan Ochobot di peti, tetapi dijatuhkan oleh Fang dengan Shadow Stab dan Shadow Bond . Sementara itu, Adu Du mengaktifkan kekuatan sebenarnya dari tiang besinya, yaitu Tongkat Listrik untuk mengagetkan Ying dan Yaya hingga mereka jatuh. BoBoiBoy Blaze semakin marah, melepaskan Fireball Attack dan Fiery Boxing ke arah Adu Du. Adu Du memberitahu Probe untuk melarikan diri dari Ochobot, kemudian Probe berubah menjadi Probey Jet dan meminta bosnya untuk naik.
BoBoiBoy berubah menjadi Badai BoBoiBoy dan mencoba mengejar mereka, diikuti oleh Ying dan Yaya yang melakukan Supersonic Runs dan Gravity Acceleration . Fang dan Gopal tertinggal karena Fang harus menarik Gopal yang bertubuh besar keluar dari pintu ruang bawah tanah yang sempit. Di Probey Jet, Adu Du mencoba memasukkan chip ke dalam tubuh Ochobot. BoBoiBoy Typhoon berhasil mengejar mereka, melepaskan Disk Udara untuk mengganggu Probey Jet, sementara Yaya menghadapi Adu Du di kokpit. Fang menggunakan Shadow Eagle untuk mengangkat Gopal ke udara. Gopal membidik Probey Jet lalu menembakkan Food Sniper Shot untuk mengubah pendorong jet menjadi biskuit dan menjatuhkan pesawat.
Adu Du mencoba untuk memerintahkan Ochobot untuk menggunakan kekuatan teleportasi, sementara Badai BoBoiBoy menagih Bor Badai untuk memecahkan kokpit Probey Jet, dan dengan bantuan Kekuatan Slow-Mo oleh Ying. Di luar dugaan, Ochobot berhasil melakukan teleportasi untuk memindahkan Adu Du dan Probe…namun tidak cukup jauh untuk melarikan diri dari geng BoBoiBoy karena kerusakan pada mesin Probe. Yaya mengambil kesempatan itu dengan memberikan Pukulan Padat untuk menjatuhkan Probe, sementara BoBoiBoy melakukan Kekuatan Tiga untuk membelah menjadi BoBoiBoy Thorn , BoBoiBoy Blaze dan BoBoiBoy Ice .
Thorn melepaskan Jaring Berduri untuk menjebak Probey Jet, dan Adu Du dengan pelukan Ochobot terlempar keluar dari kokpit yang rusak. Es mencegah Adu Du melarikan diri dengan Panah Pembekuan, sementara Thorn merentangkan cabang yang merayap untuk menyambut Ochobot. Blaze mencoba untuk menyelesaikan pertarungan dengan menghasilkan Bola Api Maksimum untuk dibebankan ke musuh, tetapi sebelum dia bisa, Adu Du menekan tombol pada pengontrol untuk mengaktifkan kekuatan teleportasi. Hal ini menyebabkan Ochobot membuka teleportal di langit agar kedua penjahat tersebut dapat melarikan diri.
Meski gagal menangkap Adu Du dan Probe, geng BoBoiBoy berhasil menyelamatkan teman lama mereka Ochobot dalam keadaan aman meski mengalami kerusakan. Fang bertanya di mana dia menteleportasi Adu Du dan Probe, tetapi Ochobot mengaku tidak tahu karena koordinatnya dikendalikan oleh Adu Du. Adu Du dan Probe benar-benar kembali ke Markas Kotak. Probe bertanya mengapa mereka tidak melarikan diri dari Ochobot, kemudian Adu Du menjelaskan dengan bantuan Komputer yang baru saja kembali dari liburan, bahwa dia memasang chip di tubuh Ochobot agar mereka selalu tahu posisi geng BoBoiBoy, sebenarnya setiap waktu Ochobot membuka teleportal, teleportal lain dibuka untuk mereka sehingga mereka akan selalu mengikuti geng BoBoiBoy.