Setelah berjuang keras untuk mengalahkan Ejo Jo, BoBoiBoy dan kawan-kawan mulai berteman dengan Adu Du untuk bersama-sama menjaga Pulau Perintis aman dari ancaman internal dan eksternal. Namun persahabatan mereka tidak langgeng ketika Ibu Bu, ibu Adu Du, datang berkunjung dan melepaskan kerinduannya pada anaknya yang dipanggil Bubuchuk sebagai panggilan akrabnya. Ketika dia tahu dia baik, dia membujuk Adu Du untuk mengulanginya sepenuhnya sehingga dia bisa kembali ke kejahatan. Kekuatan elemen BoBoiBoy juga berkembang saat ia dapat berubah menjadi BoBoiBoy Api yang dapat mengontrol elemen api.
Adu Du juga mencoba membuat robot bernama BoBoiBot yang tidak hanya menyerupai BoBoiBoy, tapi juga meniru kekuatan elemen BoBoiBoy sehingga ia menggantikan BoBoiBoy sebagai pahlawan lokal di Pulau Rintis. Akhirnya dengan bantuan Probe yang menceritakan kelemahan BoBoiBot kepada BoBoiBoy dan Ochobot, BoBoiBoy menerima tantangan para penirunya dengan bertransformasi menjadi BoBoiBoy Air yang dapat mengontrol elemen air.
Setelah BoBoiBot dikalahkan, BoBoiBoy dan yang lainnya berhasil dalam karnaval di sekolah mereka, Karnaval Hari Bumi. Semuanya berjalan lancar, tetapi tiba-tiba monster yang dikenal sebagai Raksasa Perisai muncul dan menghasilkan sampah di Pulau Rintis. Setelah membungkuk untuk bertarung, akhirnya Raksasa Perisai berhasil dikalahkan oleh serangan kombo. Pada malam harinya, Adu Du dan Probe membentuk tim jahat Jero-Jero, yang ia gunakan sebagai tulang punggung kegiatan kriminal lainnya.
Keesokan harinya, Adu Du dan Probe mengetahui bahwa Ejo Jo sedang dalam perjalanan ke Bumi, jadi dia mengirimkan informasi tersebut ke BoBoiBoy. Maka, mereka sepakat untuk bekerja sama mengalahkan Ejo Jo. Kedatangan Ejo Jo dengan bertambahnya dirinya membuat tim BoBoiBoy merasa getir, terutama BoBoiBoy sendiri. Namun, pertarungan mereka terhenti ketika pesawat luar angkasa lain muncul di sana. Dia menjatuhkan seorang pria dan monster. Entah bagaimana dan dari mana, Fang tiba-tiba muncul berjalan ke arah mereka lalu membungkuk hormat.
Dua orang misterius itu kemudian memperkenalkan diri mereka sebagai Kapten Kaizo dan Letnan Lahap dan menceritakan tujuan mereka datang ke Bumi; merebut Jam Kekuatan BoBoiBoy dan teman-temannya. Setelah sekian lama rahasianya disimpan, akhirnya terungkap oleh Kapten Kaizo sendiri. Sangat mengejutkan bahwa BoBoiBoy dan teman-temannya mengetahui bahwa Fang sebenarnya adalah mata-mata di tim Kaizo dan hanya menggunakan “Fang” sebagai nama palsu. Yang lebih mengejutkan lagi mengetahui bahwa Fang sebenarnya adalah spesies asing dan bukan spesies manusia.
Meskipun meminta BoBoiBoy untuk menyerahkan Jam Kekuatannya, dia tetap keras kepala. Melihat Lahap mengeluarkan sekantong minuman beracun dari belakangnya, Fang tidak punya pilihan jadi dia mengambil Jam Kekuatan mereka dengan kekuatan bayangannya dan kemudian menyerahkannya kepada Kapten Kaizo. Akhirnya, Kapten Kaizo dan Lahap bersama Fang terus pergi ke luar angkasa meninggalkan BoBoiBoy dan teman-temannya.
Saat berada di pesawat, Fang juga memberikan Jam Kekuatan miliknya atas perintah Kapten Kaizo. Dia mengatakan dia tidak pantas menggunakan dua kekuatan sekaligus. Tiba-tiba, pesawat mereka diserang oleh pesawat lain. Setelah Lahap teridentifikasi, ternyata BoBoiBoy menjalin hubungan kerja dengan Adu Du untuk membebaskan Fang dan mengambil kembali Jam Kekuatan mereka.
Menaiki pod luar angkasa, BoBoiBoy dan rekan-rekannya berhasil masuk ke pesawat luar angkasa Kapten Kaizo. Setelah itu, Kapten Kaizo berjalan ke arah mereka dan mulai merasa tertarik pada tekad tinggi BoBoiBoy untuk mengambil kembali Jam Kekuatan mereka. Dengan itu, Kapten Kaizo menantang BoBoiBoy untuk bertarung lagi dengan timnya. Jadi, BoBoiBoy dan Fang bekerja sama untuk mengalahkan Kapten Kaizo sementara Yaya, Ying dan Gopal melawan Lahap.
Puncaknya, BoBoiBoy dan kawan-kawan berhasil mengalahkan tim Kapten Kaizo dengan bekerja sama dan melancarkan serangan kombo baru yang kuat. Dengan kekalahannya, Kapten Kaizo terus menyadari bahwa BoBoiBoy dan kawan-kawan memang layak menggunakan kekerasan. Dengan pernyataan tersebut, Kapten Kaizo mengajak BoBoiBoy untuk bergabung dengan timnya karena dengan kemampuan dan kemampuannya, ia dapat membantu tim Kapten Kaizo untuk mengumpulkan Power Sphera sebanyak-banyaknya.
Namun, BoBoiBoy menolak panggilan tersebut karena Kapten Kaizo menggunakan kekerasan sebagai solusi dalam misinya. Kapten Kaizo kemudian memberikan dua pilihan kepada Fang, apakah dia ingin bergabung dengan BoBoiBoy dan teman-temannya atau menurut timnya kembali ke tempat mereka. Tetapi karena Kapten Kaizo sudah memiliki kekuatan yang cukup, Fang bergabung dengan BoBoiBoy dan teman-temannya. Sebelum mengirim mereka semua ke Bumi, Kapten Kaizo menyarankan BoBoiBoy untuk selalu waspada terhadap ancaman dari luar.
Saat berada di warung Tok Aba, rahasia baru lainnya secara tidak sengaja terbongkar oleh Fang sendiri. Faktanya, Kapten Kaizo bukan hanya kapten baginya, dia bahkan saudara tirinya baginya. Mendengar ini, Yaya, Ying dan Gopal terus memperbaiki kesalahan Fang karena tidak memberi tahu mereka tentang hal itu. Sementara itu, BoBoiBoy tersenyum sambil berkata “terbaik”. Sebelum berakhir, BoBoiBoy membuat pengakuan sebagai superhero, “Aku BoBoiBoy, superhero Bumi. Sepertinya aku perlu bersiap. Semakin banyak orang dari luar sana yang datang. Aku perlu melindungi teman-temanku, aku perlu melindungi Bumi, dan aku perlu melindungi galaksi.”