BoBoiBoy Galaxy merupakan sebuah kisah tentang robot-robot Power Sphera. Power Sphera adalah robot berteknologi tinggi yang mengandungi kekuatan yang hebat dan menjadi rebutan. Power Sphera telah lari dan bersembunyi di sekitar galaksi. Satu per satu Power Sphera telah diburu dan ditemukan oleh kekuatan jahat. Kini, Power Sphera digunakan untuk kehancuran dan kehancuran sejagat. Ini adalah kisah petualangan seorang superhero Bumi, BoBoiBoy dalam misi untuk menyelamatkan Power Sphera dan mempertahankan galaksi.
Power Sphera dibuat untuk memberikan kekuasaan besar kepada pemiliknya. Namun, proyek Power Sphera akhirnya dianggap sebagai proyek yang berbahaya dan dibatalkan, sedangkan Power Sphera yang lain melarikan diri dan bersembunyi di berbagai pelosok galaksi. Semenjak itu, banyak alien jahat mencoba mencari dan menangkap Power Sphera untuk kepentingan mereka sendiri.
Untuk menghindari Power-Power Sphera jatuh ke tangan penjahat, seorang pahlawan muda dari Bumi yaitu BoBoiBoy ditugaskan untuk melacak Power-Power Sphera yang tersebar di seluruh galaksi dengan bantuan teman-temannya yang bukan hanya berasal dari planet Bumi, tetapi juga dari planet-planet lain.